1949年11月1日，伴随着中华人民共和国的诞生，中国科学院成立了。
经过50多年的努力，中国科学院已发展成为国家在科学技术方面的最高学术机构和全国自然科学与高新技术的综合研究与发展中心。
1955年6月成立的中国科学院学部，将全国最优秀的科学家紧密团结在一起，共谋国家科技发展，更进一步确立了中国科学院学术中心的地位。
50多年来，中国科学院取得了诸如”两弹一星”等一系列重大科研成果，为我国的科技事业、国民经济和社会发展及国防建设做出了重要贡献。同时，累计招收研究生45000余名，培养了一大批优秀科技创新人才。
1998年，党中央、国务院决定启动中国科学院知识创新工程试点，标志着中国科学院进入了新的发展时期。5年来，我院以知识创新工程试点为中心，锐意创新，各项工作迅速发展，队伍结构明显优化，创新能力显著提高，重大创新成果开始出现。在纳米科技、新核素合成、等离子体放电、有机分子簇集和自由基化学研究、生命起源等基础研究领域取得了一批重大创新成果；在通用芯片研制、超级服务器、计算机操作系统、煤间接液化合成油、高性能机器人、神州载人飞船应用系统及国防建设等高技术领域取得了一批具有战略意义的重大成果；在人类基因组和水稻基因组测序、成年体细胞克隆牛、西部大开发、资源开发和环境保护、铬盐工业生产等领域为社会可持续发展做出了重要的创新贡献。
2002年，我院提出了新时期办院方针，并在此基础上提出了新时期发展战略，明确了我院本世纪头20年的奋斗目标。随着知识创新工程试点工作的不断深入和新时期发展战略的全面实施，中国科学院将努力建设具有国际先进水平和国际竞争力的综合性国家科研，实现科技创新能力的跨越式发展，攀登世界科学高峰，不断为我国经济建设、国家安全和社会发展不断做出基础性、战略性和前瞻性的重大创新贡献，为我国全面建设小康社会、加快推进社会主义现代化和率先实现科技现代化做出历史性贡献。
中国科学院是全国科学家的科学院，是全国人民的科学院，是世界科技力量的组成部分。我们在此向社会各界汇报中国科学院的工作，特别是知识创新工程试点工作的进展，使中国科学院工作能得到全社会的了解、理解和支持，以便让我们共同努力办好中国科学院，办好中国的科技事业，并为国际科技发展做出我们的贡献。
中国科学院机构设置
中国科学院于1949年11月在北京成立，是国家科学技术方面最高学术机构和全国自然科学与高新技术综合研究发展中心。
中国科学院包括5个学部（数理学部、化学部、生物学部、地学部、技术科学部），以及11个分院（沈阳、长春、上海、南京、武汉、广州、成都、昆明、西安、兰州、新疆）、84个研究院所、1所大学、2所学院、4个文献情报中心、3个技术支撑机构和2个新闻出版单位，分布在全国20多个省（市）。此外，还投资兴办了430余家科技型企业（含转制单位），涉及11个行业，其中包括8家上市公司。
中国科学院学部设置
中国科学院学部(以下简称“学部”)成立于1955年，是国家在科学技术方面的最高咨询机构，负责对国家科学技术发展规划、计划和重大科学技术决策提供咨询，对国家经济建设和社会发展中的重大科学技术问题提出研究报告，对学科发展战略和中长期目标提出建议，对重要研究领域和研究机构的学术问题进行评议和指导。
学部由中国科学院院士组成。中国科学院院士从国内外最优秀的科学家中选出，每两年增选一次，目前有院士687人，其中外籍院士41人。学部的最高权力机构是全体院士大会，其常设领导机构是学部主席团，由中国科学院院长担任执行主席。学部现设有数学物理学部、化学部、生物学部、地学部和技术科学部五个学部。
学部成立初期，即组织院士参与制定了对我国科技事业发展具有深远影响的《十二年科学技术发展远景规划》。1986年，在89位院士建议下，中国科学院建立了面向全国的自然科学基金，在此基础上成立了国家自然科学基金委员会。同年3月，王大珩、王淦昌、陈芳允、杨嘉墀4位院士联名建议加强中国高科技的研究和发展，形成了国家高技术研究发展计划。 1993年，在王大珩、师昌绪、张光斗、张维、罗沛霖、侯祥麟等院士的倡议下，成立了中国工程院。
近年来，学部围绕西部开发、国家安全、人口与社会可持续发展、高技术产业发展、科学教育、学科发展战略等问题，提出了一系列咨询报告报送国务院和政府有关部门，为国家制定相关政策提供了重要参考依据。
基础科学研究
在基础科学研究领域, 中国科学院已逐步建立和发展了数学、物理学、化学、力学、天文学、生命科学、地学与环境等自然科学的基础学科。在数学、物理学、化学、力学和天文学领域，现有16个研究机构，其中有10个研究所、2个研究院、3个天文台和1个授时中心,拥有近9000人的科研及管理队伍。中国科技大学、中国科学院研究生院也是基础科学方面的重要研究力量。目前，在这些研究机构中建设有基础科学领域的国家实验室4个、国家重点实验室11个、院重点实验室19个。在知识创新工程试点工作中，先后启动了国际量子结构、核心数学、聚合物科学与材料、交叉科学理论物理和复杂系统研究团队。研究团队主要围绕重大科学前沿问题，开展具有原始创新性的研究工作，通过团队的带动作用，培养出在中国本土成长的一流科学家。为推动国内纳米科技研究工作，在中国科学院纳米科技中心的基础上，联合北京大学、清华大学等高校即将成立国家纳米科技中心。
中国科学院已经建成了北京正负电子对撞机（BEPC）、兰州重离子加速器（HIRFL）、合肥同步辐射加速器、托卡马克和激光聚变装置、长波授时台等重大科学工程装置，以及2.16米光学望远镜、多通道太阳磁场望远镜、米波综合孔径射电望远镜等大型天文观测设备。目前正在建设的大科学装置有兰州重离子加速器冷却储存环、大型非圆截面超导托卡马克装置、大天区面积多目标光纤光谱天文望远镜和北京正负电子对撞机（含谱仪）重大改造工程等。
在基础科学研究领域，中国科学院先后取得了许多重大的科研成果，如数学定理的机器证明、哈密尔顿系统的辛几何算法、τ轻子质量精确测量、新核素合成、超新星观测、高温超导、碳纳米管的制备和应用、非线性光学晶体、过渡金属原子簇结构和性质以及金属有机化学等等。同时，为我国信息、能源、材料、资源、农业、医药、空间和国家安全等方面的研究和发展以及形成科技战略储备做出了重要贡献。数学与系统科学研究院吴文俊先生、半导体研究所黄昆先生分别荣获第一届（2000年）和第二届（2001年）国家最高科学技术奖。
生命科学与生物技术研究
在生命科学与生物技术研究领域，中国科学院现有23个研究所和研究中心、26个国家和院重点实验室、12个植物园、22个标本馆、9个典型培养物保藏库和11个野外生态学研究台站，拥有6800多人的科研及管理队伍。
在北京的7个研究所以农业高技术和生态环境研究为主要方向；由7个研究所（中心）组成的上海生命科学研究院以人口与健康为主攻方向；在西南的4个研究所组成了西南生物资源与生物多样性保护研究发展基地，主要研究生物多样性保护和生物资源可持续利用；在湖北的3个研究所重点研究水生生物学和病毒学及其生物技术；另外在青海和广州各有1个研究所，分别进行青藏高原生物学和植物学及退化生态学的相关研究。
在生命科学领域，中国科学院取得了许多重要成果。在世界上首次人工合成了牛胰岛素结晶和酵母丙氨酸转移核糖核酸；完成了366卷中国植物志、动物志和孢子植物志的编研；创建了最完整的中国蕨类植物分类系统；参与了“人类基因组计划”并完成了1%的测序任务；完成了水稻基因组框架图和粳稻4号染色体精确测序。蝗虫生态学与治理、恢复生态学、害虫防治、作物品种选育、水产养殖、创新药物等的研究为国家的生态安全、农业经济发展和人口与健康做出了重要的贡献。
在生物技术研究方面，取得了用二步发酵法生产Vc中间体、黑曲糖化酶酶活的提高及其在工业上的应用、乙肝基因工程疫苗、基因工程人干扰素超高表达、转基因鱼和体细胞克隆牛等重要研究成果，有些已实现产业化。在新药研究方面，共创制新药50多种。解毒药二巯基丁二酸是我国首次被美国仿制、经FDA批准上市的药物；抗疟疾药蒿甲醚是我国出口的唯一首创新药，1995年被列入世界药典；治疗心血管疾病的“地奥心血康”等药品年产值已达14亿元人民币。
资源环境科学与技术研究
在资源环境领域，中国科学院现有24个研究所、11个国家重点实验室、14个院重点实验室和47个重点建设的野外观测试验台站。野外台站分属于生态系统研究、大气本底观测、地磁台链、特殊环境与灾害监测等四大网络，成为具有国际水平的长久性科学观测研究基地。目前，资源环境领域拥有近9000人的科研及管理队伍，已经发展成为一个比较完整的、学科较为齐全的综合研究体系。
资源环境科学领域涉及固体地球科学、大气科学、海洋科学、生态学、环境科学、地理科学与资源、遥感、农业等多个重点学科。多年来，广大科技人员积极面向国家需求，勇于攀登科学高峰，在地球早期生命研究、进化古生物学研究、国际界线层型研究，以及各门类化石总结等方面均取得重要成果。通过在东亚季风环境系统、黄土、岩溶、冰芯、湖泊、古海洋学和人类活动对陆地生态系统影响以及海洋生态动力学等方面开展古环境变化和过程研究，重建了东亚自然环境演化规律；积极而卓有成效地推动了全球变化研究。陆相生油理论、层控矿床地球化学、东亚大气环流和东亚季风环境污染机理、青藏高原隆升及环境效应等研究工作，取得了理论上的重大突破。根据地域分异、地表水热平衡、元素迁移转化和生态环境特征，完成了各种自然区划、生态环境区划、农业和经济区划，在国民经济建设中得到了广泛的应用。在沙漠化防治、水土流失治理、中低产田改造、退化生态系统恢复与重建、环境污染控制和海水养殖、海洋药物等方面，提供了一批实用的技术和模式。遥感技术、地理信息系统技术、全球定位系统技术所取得的研究成果和信息基础设施的建设，使地球信息科学在政府决策和科技、经济、社会发展中发挥更为重要的作用。
高技术研究与发展
在高技术研究与发展领域，中国科学院共有28个研究所、2个技术支撑单位、1个国家实验室、43个国家重点实验室和院重点实验室，14600余名科研技术人员。主要工作涉及信息技术、先进制造、光电科技、材料、能源、交通、化学工程和空间科学技术等领域，曾为我国计算机、激光、合成橡胶、“两弹一星”等研究做出过重大贡献。近几年来，在高技术研究与发展领域进一步加强了基础性研究和高技术前沿探索，不断增强自主创新能力。同时，为了强化研究所的科技成果转化能力和工业配套能力，已建成31个国家工程中心和院工程中心，并按现代企业制度管理，形成一个高技术企业群体。
中国科学院高技术研究与发展工作的任务是：从事关系到我国经济发展、国防建设与社会进步的基础性、战略性、前瞻性高新技术研究；承担国家重大项目中的关键技术研究开发工作，解决国家急需的重大科技问题；提高我国高技术自主创新能力，不断促进高技术产业发展。在提高我国高技术的国际竞争能力、促进我国高技术产业发展、解决我国经济发展、国防建设和社会可持续发展中的重大科学技术问题等方面，起到有显示度的和不可替代的作用。
各研究所积极承担国家重点基础研究计划、国家高技术研究发展计划、国家重点科技攻关计划等国家重大科技任务，加强与企业的合作，取得了一系列重大成果。工业机器人产业化、实践五号科学实验卫星和风云系列气象卫星的有效载荷、小型化超强超短激光、纳米材料、有机合成化学、40万千瓦蒸发冷却电机曙光3000超级服务器、“龙芯”高性能CPU芯片等大批创新研究成果，为我国信息技术和自动化、化工与材料、能源等领域的科技发展写下了新的篇章。
高技术产业化
在高技术产业化方面，中国科学院按照新时期办院方针，坚持面向国家战略需求，加强关键技术创新与集成，加强科技创新成果的转化，为我国产业结构调整、保持经济快速增长以及社会可持续发展做出了直接贡献。同时，积极建立高技术产业发展平台，进一步促进科技成果转化的市场化、社会化和企业化，进一步促进高技术产业的发展。
资兴办的企业，分布在11个行业，其中已经认定的高新技术企业有219家。院直接投资的企业（含首批转制单位）有82家，如著名的联想集团控股公司等；研究所投资的企业有356家，如在科技成果转化方面表现突出的成都地奥制药集团有限公司、上海中科合臣化学公司等。目前，全院已有8家院、所投资的公司在境内外上市。在31个国家和院级工程研究中心中，有14个已经完成公司制改造。此外，在建和筹建中的科技产业园区有21个。
中国科学院依法设立了“中国科学院国有资产经营公司”，代表院对院直接投资的全资、控股、参股企业行使出资人权利，并对经营性国有资产承担相应的保值增值责任。
2001年度，院、所投资企业营业收入434.54亿元；利税总额42.99亿元；创汇额2.94亿美元；所有者权益117.22亿元；从业人员约5.24万人，其中为社会提供的就业机会超过4万人。
中国科学院积极推进科技与经济的有效结合，十分重视与省市的技术经济合作，近年来陆续与23个省、市、自治区及有关地（市）签署了全面合作协议。同时，多渠道、多途径、多层面地推进与产业部门以及大中型企业的合作，在烟草、纺织、石化、机电等行业加强技术合作，并与中国海洋石油公司、大庆油田、上海电机集团、上海广电集团等大型企业集团建立了长期合作关系。中国科学院与国家经贸委、教育部共同组织实施了“产学研联合开发工程”，与3000多家企业建立了多种合作关系。为加强与地方、行业、企业的合作，向全国29个省（市）的170个地（市）、县和一批企业选派了科技副职，同时接收地方和企业选派的挂职干部在院短期工作。
据不完全统计，院与地方合作项目在2001年度为地方形成销售收入152亿元人民币,利税33亿元人民币。另外，创造社会效益折合114亿元人民币。
队伍建设与人才培养
中国科学院拥有一支高水平的科技人才队伍，现有中国科学院院士256人，占中国科学院院士总数的39.8%；中国工程院院士53人，占中国工程院院士总数的8.6%。全院有专业技术人员3.7万人,其中高级专业技术人员1.4万人、中级专业技术人员1.4万人，初级专业技术人员0.75万人。全院在读研究生2万余人，在站博士后1千余人。
20世纪50年代，一大批海内外优秀人才聚集在中国科学院，为“两弹一星”的研制做出了历史性贡献。80年代开始，为培育中青年科技骨干，解决人才断层问题，中国科学院在国内率先推出了一系列新举措。90年代初推出了“百人计划”，以吸引和培养优秀学科带头人，全院人才队伍结构得到调整和优化。实施知识创新工程试点工作以来，在全院推行了以队伍结构优化为核心的人员总量控制、建立与国际接轨的新型用人制度和“三元”结构分配制度等人事制度改革，为中国科学院的改革与发展奠定了良好的基础。1999年和2001年分别启动了“引进国外杰出人才计划” 与“海外知名学者计划”，加大了对国外优秀青年学者的吸引力度。目前，全院知识创新工程的科技岗位中，45岁以下科技人员已占科技人员总数的75%以上，全院人才队伍呈现出人员精干、结构合理、创新能力不断提高，国际、国内地位不断提升的良好态势。
为保持人才队伍的创新活力和竞争能力，中国科学院自1978年开始选派优秀的科技人员和管理骨干出国深造，迄今已公派1.6万名访问学者、研究生到40多个国家和地区留学和访问进修，目前已有近1万余人学成回国工作。同时，在院内初步形成了以中国科学院管理干部学院为龙头，以京外若干基地为依托的继续教育网络。
为国家培养和输送高层次科技人才，是中国科学院对国家和社会的一个重要贡献。中国科学院于1951年与高校一起开始实行统一计划招收研究生制度，1977年率先恢复因“文革”而中断的研究生招生，1978年经党中央批准成立了我国第一个研究生院——中国科技大学研究生院。50年来，中国科学院为国家培养和输送了7万余名研究生，其中包括中国第一位理学博士、第一位工学博士、第一位女博士和第一位双学位博士。2001年，经教育部和国务院学位委员会批准，中国科学院研究生院正式成立，现有授予博士学位的学科专业基本覆盖了理科所有的学科领域，同时还具有相当数量的工程技术学科和一定数量的人文学科的博士学位授予点，全院形成了一个以北京为主体、联系和覆盖全院的研究生教育网络。
中国科学技术大学是中国科学院于1958年创办、以前沿科学和高新技术为主、兼有以科技为背景的管理和人文学科的综合性全国重点大学。建校40多年来，共为国家培养了近5万名高层次人才。中国科技大学也是首批获准进入国家“211工程”建设和国家重点建设世界知名的高水平大学之一。
国际合作与交流
中国科学院将国际科技合作作为促进现代科技发展的必要条件，已同全世界60多个国家和地区的科研机构、高等院校、国际组织和企业建立了合作交流关系，签署了院级合作协议70余个,开展了多层次、多形式、全方位的国际合作。目前，国际科技合作人员交流每年逾万人次，全院有380多位科学家在国际组织中担任不同层次的领导职务，并聘请了140多位外国专家学者担任院、所的名誉职务和客座教授。
国际合作工作以围绕国家、院重大项目开展实质性合作为重点，取得了数百项成果，其中北京正负电子对撞机的建设、沙尘暴的防治、1%人类基因组测序、中日大学群合作、德国马普青年科学家小组、中法信息自动化与应用数学实验室、英国石油国际公司中国中心、中俄空间天气联合研究中心等项目成绩显著，在全院科技工作中发挥了重要作用。此外，中国科学院成功地举办了一系列重大国际会议，加强了与第三世界科学院等国际组织的合作与交流，吸纳了外资外贷 ，扩大了在国际科技界的影响，同时也加速了人才培养。
近几年，中国科学院在知识创新工程试点中，通过国际合作与交流，在促进基础研究和高技术创新、为国民经济建设与社会发展服务等方面做出了贡献。
科学出版与文献信息
文献服务与出版是科研工作中的重要基础和支撑条件，也是提升科研创新活力的基本要素。经过50多年的建设，中国科学院依托现代信息技术已初步形成了以院文献情报中心为中心，以上海、兰州、武汉、成都四个地区学科文献情报中心为分中心，连接全院相关研究机构图书信息室以及国内外主要大型图书馆和信息机构，立足全院、面向全国、开放互联的网络化科技文献情报服务体系。其文献收藏总量达3300多万册（件），已建成国内最具规模的自然科学基础学科和高技术文献收藏体系，并建成了包括多种联合目录、文摘杂志和文献数据库的自然科学文献检索体系和国际联机检索终端，每年向院内外数十万用户提供服务。两三年内，将基本建设成为我国在自然科学领域最具规模和地位的、面向全社会的国家科学数字图书馆。
在出版事业方面，中国科学院也已初步形成以科学出版社为中心的科学出版集团和以科学时报为主体的报业体系，出版范围从传统纸质出版物到现代数字化电子出版物，从学术专著、科普著作到各种杂志、报刊。依托中国科学院一流研究人员的高水平科研工作，面向全国乃至全世界，它们每年出版上千种包括学术专著和科普著作在内的科技图书和电子出版物，以及290多种科技期刊，其中不乏在学术上具有国际地位和影响力的知名出版物。文献服务和出版工作的紧密结合和协同发展，将为中国科学院成为国家知识库、思想库和人才库构筑起信息化、数字化、网络化的平台，并成为国家信息基础设施的重要组成部分。
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