北京科兴和北京生物主要区别在于两者公司不同、生产厂家不同。北京科兴的疫苗生产厂家为北京科兴中中维生物技术有限公司，北京生物生产厂家为中国国药集团北京生物制品研究所有限责任公司。
北京科兴和北京生物生产的疫苗都属于灭活新冠病毒疫苗，是经过国家药监部门批准的，两者皆有很好的安全性和有效性。接种时，建议最好选择同一家生产厂家的疫苗进行接种。
目前获批上市的国产新冠疫苗公布的保护效力数据结果，均达到世界卫生组织相关技术标准及国家技术标准，所以，北京生物疫苗和科兴生物的疫苗都很好，效果上没有明显差别。
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