1399年6月，燕王朱棣以“清君侧”的名义，大兴“靖难”之师，以破竹之势，于1402年6月3日誓师渡江。登岸一战，守军崩溃。燕王又顺手夺取镇江等处，使南京变成了一座孤城。6月12日，被建文帝朱允炆免罪不杀的曹国公李景隆打开了金川门，迎接燕王进城。此时，守卫南京的20万大军，不战而降。朱棣一举攻下了南京城。
是时，建文帝于宫中放起了大火，皇后马氏带着7岁的太子投火自尽。建文帝正欲拔刀自刎，一说为翰林编修程济等人救护，从地道逃出；另一说朱棣进宫后，到处收捕建文帝，最后在一片灰烬中扒出一具被烧得残缺不全、面目焦烂的尸体，有人告诉朱棣，这就是建文帝。
问题提出来了：建文帝究竟是从地道里逃出，还是死于火中？换而言之，建文帝的下落如何呢？
对于这个扑朔述离的谜，数百年来，史学界一直是众说纷纭，莫衷一是。有人认为，建文帝确实是亡于一炬之中了。
永乐年间所修之《实录》，说建文帝“已焚死”，到了清代修编《明史》时，史馆中也对朱允奭以“焚死”来定论。
首创“焚死”说者当数清代的王鸿绪，王氏在其所着《明史稿。史例议》中，花了大量的篇幅专门论述建文帝必定焚死，还对建文帝在世时所作所为表示深深的遗憾。王氏认为，朱允奭“虐杀宗藩，自遭众弃，势穷力竭，而后一死了之”。（引自孟森《明清史讲义》）这样的话，建文帝确是非死无疑的了。清代大学者钱大昕在作《万斯同传》时，也采用此说，并云万斯同本人也待此说。
然而，还有不少人认为建文帝朱允奭并未毁身于一炬之中，在明代即有人认定朱允奭逃匿出亡了。
《明史。恭闵帝本纪》中云：“都城陷。宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出帝后尸于火中，越八日壬申葬之。”有人就以此为发端，认为既然已经出现了帝及帝后尸，也就是说，明明知道帝之所终，为何又言及“不知所终”呢？确定建文帝逃亡。过去，人们一直认为清代大学者朱彝尊也持建文帝“焚死”说的。然而，后来一查考，把建文帝“焚死”与逃亡之矛盾揭示出来的，正是朱彝尊。上引《明史。恭闵帝本纪》中的这段记载正是承袭了他所着的《曝书亭集》的。《明史。姚广孝传》中记载着这样一段史料：“十六年三月人觐，年八十有四矣，病甚不能朝，仍居广寿寺，车驾临视者再，语甚欢，赐以金唾壶，问所欲言，广孝曰：”僧溥洽系久，愿赦之。‘溥洽者，建文帝主录僧也。初，帝入南京，有言建文帝为僧遁去，溥洽知状，或言匿溥洽所，帝乃以他事禁浦洽，而命给事中胡等遍寻建文帝，久之不可得。溥洽坐系十余年，至是帝以广孝言，即命出之。“根据这段史料，有人提出：一、如果明成祖朱棣已经得到建文帝真正的尸体的话，那他又何必坐系溥洽以求建文帝之踪迹呢？二、如果溥洽伪造其说的话，朱棣就应该以妖言罪状诛之，又何必假借其他事以久系之，而至16年不决呢？断定建文帝是逃亡了。
有人还持《明史。胡传》中具有神秘色彩的一段记载来发问。
《明史。胡传》载：“惠帝之崩于火，或言遁去，诸旧臣多从者，帝疑之。”于是朱棣便“遣颁御制诸书，并访仙人张邋遢，遍行天下州郡乡
邑，隐察建文帝安在“。胡于外”二十一年还朝，驰谒帝于宣府。帝已就寝，闻蹈至，急起召入。悉以所闻对，漏下四鼓乃出。先未至，传言建文帝蹈海去，帝分遣内臣郑和数辈，浮海下西洋，至是疑始释。“可见，建文帝下落不明，乃是朱棣的心病。
据此，有人提出，一、如果明成祖朱棣确定火中有建文帝尸的话，那他为什么还派人到海内外分途遍访建文帝之下落，而历时20余年呢？二、胡来见时，朱棣已经就寝、为什么却急不待明日，四鼓乃出，奏对良久呢？
就第二点，还有人认为，胡遍访后发现建文帝之确切踪迹，并且建文帝此时亦无意复国，而后隐匿起来了。
近代明清史专家孟森对“焚死”说也持有疑义。盂氏认为，建文之焚死，“非真相也！”（参见孟森《明清史讲义》）
假如建文帝确实未“焚死”，逃匿出亡，他又能隐向何方呢？
清代大学者钱谦益云：“以文皇帝（指朱棣）之神圣，明知孺子之不焚也，明知亡人之在外也，”钱谦益还认为，建文帝削发即为溥洽。言下之意，建文帝逃亡后隐匿起来做了僧人，“朝于黔而夕于楚”。（《有学集。建文年谱序》）凡此种种，各持一论，那么，建文帝到底是“焚死”、还是逃亡，或是隐匿为僧呢？他的下落到底如何呢？这确是一大悬案，孰能解之？
2位死后成神!古代历史上4大单挑奇才