诉讼围绕沙茨是否使用了瓦克斯曼设计和发明的实验步骤？链霉素的发明是否来源于瓦克斯曼提供的菌株标本？多少人参与了发明过程？以及沙茨在发明过程中的作用大小等等进行取证，双方提供所有与链霉素有关的实验证据，以及从实验室到生产上市各个环节的佐证。
官司整整打了九个多月，至1950年12月29日以庭外和解方式结案。沙茨撤诉，他提供给法庭的资料充分证明自己是链霉素的第一发明人，法院也以“沙茨是链霉素的共同发明人”记录在案。沙茨自1950年10月1日起，可获得3%的专利许可费，每年约一万五千美元，同时他以12.5万美元的报酬放弃外国专利许可费权益。瓦克斯蔓的专利许可费从20%降至10%，7%的专利许可费由参与链霉素相关工作的人员分享。当时正在筹建的“微生物研究所”（后改为“瓦克斯曼微生物所”）由罗格斯大学研究与捐赠基金会部分出资建造与维护。现有的文献都说，瓦克斯曼捐赠了相当一部分专利许可费建造这个微生物研究生所。
瓦克斯曼微生物研究所（Waksman Hall，1954年）
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“家有家规，行有行规。”沙茨状告恩师，虽说迫不得已，但后果严重。这场官司在学术界引起了悍然大波，犹如年幼的大卫，挑战巨人歌利亚。沙茨居然把巨人打败了，为自己争回了名誉和利益。然而，学术界的“歌利亚”是不容易被打倒的。
学术界也有学术界的潜规则，导师是学生的“专业父母”，从接收学生，帮助学生选定研究课题，教会学生一整套严谨的科研实验方法，再到总结分析实验结果、指导学生写学术论文和毕业论文，及至通过毕业答辩。学生对导师的信任与依赖无可置疑。导师也有自己的计划和考虑，既要培养出自己的弟子，又要不断地出论文、申请科研基金，确立与提高自己在学术界的地位。如果科研成果可以与经济利益挂钩，则可申请专利保护，并与公司企业联手共同推向市场。导师还是学生专业上的引路人，把他们带入学术圈子，为他们搭建发展平台。总之，绝大部分学生与导师相处很好， “青出于蓝而胜于蓝”、彼此成为竞争对手的情况虽时有发生，但公开地撕破脸皮实属少见。这场官司让瓦克斯曼与沙茨的关系彻底破裂，从此，瓦克斯曼再也不理沙茨，也不再提沙茨的名字，万不得已要提到沙茨时，就用“那位学生”来代替。
沙茨上了“忘恩负义”的黑名单，在学术界找不到立身之地，申请了50多所院校都被拒绝，幸好“纽约城市大学布鲁克林学院”给了他一个位置，教微生物课。几年后，宾夕法尼亚州的雄鹿县农业学院聘他为微生物学教授，直到退休，沙茨都没有回到自己喜欢的土壤微生物专业。
自从在宾州农学院当教授，沙茨以为一切已尘埃落定，谁知1952年，瑞典卡罗琳研究所宣布，当年的生理学或医学奖将授予“链霉素的发明人”塞尔曼·瓦克斯曼。这如同一颗重磅炸弹在沙茨头上炸响，他无法理解，法律上已承认自己是链霉素的共同发明人，诉讼官司事件当年在《时代周刊》和一些媒体也有报道，为什么诺奖提名没有自己？沙茨所在学校的副校长给诺奖委员会写信，提供了沙茨作为共同发明人的证明材料，还征得了一些前诺奖获奖人的签名。美国科学家科特·斯特恩（Kurt Stern）建议成立一个委员会来帮助沙茨争取成为诺奖的共同候选人，然而，响应的科学家却寥寥无几。他们认为想推翻诺奖委员会的决定是徒劳无功的，更有可能是因为在学术上与瓦克斯曼有联接。沙茨还写信给为诺奖得主颁奖的瑞士国王，请求援助，可国王并不参与诺奖候选人的决定。诺奖委员会的秘书回信说，在讨论提名时，多位科学家提到瓦克斯曼的名字，而美国科学家中却没有一人提起沙茨的名字。说诺奖候选人的提名、讨论和决定是由委员会秘密进行，不受外界反对声音的干扰。因此诺奖将保持原决定，只授给瓦克斯曼教授一人。
梅奥诊所的费尔德曼医生同情沙茨的遭遇，公开表示任何与链霉素有关的奖项都应该由瓦克斯曼和沙茨共同获得。他还私下写信给沙茨，说：“诺奖委员会认识到了链霉素的重要性，却没有认识到你是关键人物。我一直认为，在研发链霉素的过程中，你起到了非常重要的作用，你的贡献与瓦克斯曼教授密不可分，且有据可查。”
然而，诺贝尔奖最终还是只授给了瓦克斯曼教授，授奖辞是这样写的：“您对土壤微生物进行的有创意的、系统和成功的研究，导致了链霉素的发现。这是第一种抗结核病的抗生素药物。”把原来准备用的措辞“您发明的链霉素”改为“导致了链霉素的发现”。
诺贝尔奖证书
1973年，瓦克斯曼教授去世。盖棺定论：半个多世纪来，瓦克斯曼对美国乃至世界微生物专业的发展贡献巨大——“抗生素” 一词是他发明的；抗生素的研究和提取方法是他奠定的；他一生中领导发明了27种抗生素，写了29部著作，发表了400多篇论文，培养了几十位博士硕士生。他还主动把自己10%的专利使用费降到5%，于1959年捐资支援“瓦克斯曼厅（Waksman Hall）”的建造，它是“瓦克斯曼微生物研究所”的所在地 ，每年接待来自于世界的学者学子，培养专业人才，切磋各种课题，推动微生物专业的发展。他在抗生素研究期间所做的贡献被称为“抗生素的黄金时代”。然而，沙茨的诉讼官司，却给他打上了独占科研成果，故意压低学生贡献，暗箱操作专利许可费分成等负面印记。瓦克斯曼在自传《我与微生物的一生》（My Life with the Microbes）中称，1950年是他人生中最黑暗的一年。
沙茨这边呢？他说偷窃研究情报和成果的事情虽常常发生在企业间，却怎么也没想到会发生在科学学术界。他最信任、视如父亲的恩师竟干出这种让他意外又失望的事情，从此，他心目中的神话巨人轰然坍塌。
1988年，英国谢菲尔德大学（The University of Sheffield）的米尔顿·温赖特（Milton Wainwright）教授，为研究链霉素的历史，来到罗格斯大学访问，第一次听到沙茨的名字时震惊了。在他的印象里，瓦克斯曼是唯一的发明人。他在罗格斯大学瓦克斯曼档案馆与费城坦普尔大学图书馆（Temple University Library）沙茨档案馆查阅了大量的资料和信件；采访了沙茨教授本人与能找到的知情者；期间还得到了瓦克斯曼基金会的自助，撰写出28页的学术论文，题为《链霉素发现和结果的争议》，发表在1991年的《生命科学的历史与哲学》杂志。此论列出的参考和引用的文件，包括著作、论文与信件达122项，其中各方互通信件达一半以上，论文中有多次原文的摘抄。在论文的结尾，温赖特教授总结道：尽管瓦克斯曼教授是沙茨的导师，那时的沙茨已经是一位能独立做科研的学生了，发现链霉素的工作，也基本上是他独立完成的，这也是为什么沙茨的名字会以资深作者出现在两篇宣布发现链霉素的重要论文中。沙茨作为共同发明人最有力的证据是名字被列入链霉素专利，以及申请专利的誓言。“我希望这篇文章能够更好地展示沙茨的案例，并证明链霉素发现的成果，应由瓦克斯曼与沙茨两位共同发明人平分。”
